La Escuela de Graduados de la Universidad Austral de Chile Sede Puerto Montt fue creada el año 2010, por el Decreto 037 del 5 de julio 2010, en el marco del plan de desarrollo estratégico 2008-2011 de la Sede Puerto Montt.
Su primer director fue el Dr. Iker Uriarte Merino, profesor titular del Instituto de Acuicultura, y bajo su responsabilidad está la dirección, coordinación y administración de los Programas de Postgrado (Magíster y Doctorado) y Postítulos (Diplomados y Especialidades).
El primer programa creado fue el Doctorado en Ciencias de la Acuicultura, el que tiene por objetivo formar capital humano altamente calificado para el desarrollo de investigación en Ciencias de la Acuicultura.
Posteriormente, en el año 2015, se creó el Magíster en Medio Ambiente y Bioseguridad en Acuicultura, el que busca fortalecer las competencias profesionales a través de la integración de nuevos conocimientos y la aplicación de herramientas científicas y tecnológicas en la solución de problemas y toma de decisiones en los ámbitos del medio ambiente y bioseguridad en la acuicultura.
En el año 2019 se firmó el decreto que creó el Magíster en Psicología Clínica de Adultos: Perspectivas Críticas Contemporáneas,
El Magíster en Nutrición Acuícola también se creó en 2019 y busca formar especialistas con sólidos conocimientos teórico-prácticos en nutrición y alimentación de especies de interés acuícola que aporten a la consolidación de una acuicultura de excelencia.
En el año 2022 ingresó la primera promoción de estudiantes del Magíster en Atención a la Diversidad en Contextos Educativos, liderado por académicos del Instituto de Especialidades Pedagógicas.
Todos estos programas de Postgrado se encuentran acreditados ante el Consejo Nacional de Acreditación (CNA).
En lo que concierne a postítulos, la Escuela de Graduados de la Universidad Austral de Chile Sede Puerto Montt posee en la actualidad dos programas: Diplomado en Recirculación para la Acuicultura y Diplomado en Ciencias Cognitivas Aplicadas a la Educación.
En la actualidad, la Escuela de Graduados de la UACh Sede Puerto Montt es liderada por su directora, Dra. Daniela Bachmann Vera, quien es académica de la Universidad Austral de Chile Sede Puerto Montt, desde el año 2007, y profesora asociada del Instituto de Psicología de la misma sede.